程序化交易最早是由组合交易发展而来。根据纽约证券交易所的定义，只要交易的数量超过15只，总资金超过1百万美元，就可以被当作是程序化交易。当时，程序化交易的主要目的是跟踪指数进行套利交易。由于指数权重股往往包括众多的，投资者很难利用人工方法对指数进行跟踪，因此利用计算机对一篮子进行操作的方式，成为了专业投资者的首选。这就是程序化交易的雏形。

程序化交易的发展，主要得益于计算机及网络技术的发展、报价方式的改变以及对冲基金的兴起三方面。

计算机及网络技术的发展，为程序化交易的发展提供了技术上的保证。由于计算机的运算速度越来越快，投资者可以对复杂的组合进行分析研究。而网络技术的发展，使得投资者可以在第一时间获得最新的行情信息进行分析，并执行买入卖出的操作。

报价方式的改变，则在客观上刺激了程序化交易技术的发展。2000之前，美国的交易所采用的都是分数的报价方式，的最小变动单位是1/8或者1/16。即一只的价格上涨或者下跌的幅度，必须是1/8或者1/16的整数倍。2001年之后，报价方式全面改为小数报价，也就是说，的变动单位变为了1美分，或者0.01美元。报价方式的改变，大大地增加了价格的“琐碎”程度，组合的复杂性大大增加，只有计算机才能完成如此繁琐的分析。因此程序化交易逐渐受到了投资者的青睐。

而最重要的因素，就是大量对冲基金的兴起。由于对冲基金往往使用高杠杆的金融工具进行操作，投资风险极大。市场上的投资机会稍纵即逝，采用传统的手工下单，可能会错失大量的操作良机。计算机由于其优异的运算性能，可以有效摒弃投资者的侥幸以及恐惧心理，成为代替人工操作的首选。

经过多年的发展，程序化交易逐渐脱离了最初的组合投资的范畴，变成了依靠计算机根据事先设计好的交易模型，分析即时行情信息，下达买入卖出交易指令的操作模式。

和传统的定义相比，现在的程序化交易不仅突破了当初的数量的限制，突破了资金量的研制，也突破了交易品种和交易模式的限制。如今，、、期权、债券，几乎所有的交易品种上都可以找到程序化交易的影子，交易目的也从最早的指数套利，发展出了非指数套利、趋势交易、高频交易等多种模式。